Το Molecule.one χρησιμοποιεί την εκμάθηση μηχανών για να κάνει σύντομα τη σύνθεση νέων φαρμάκων

Το Molecule.one χρησιμοποιεί την εκμάθηση μηχανών για να κάνει σύντομα τη σύνθεση νέων φαρμάκων


Πείτε ότι είστε φαρμακευτική εταιρεία. Έχετε καταλάβει ότι ένα νέο μόριο θα μπορούσε να είναι αποτελεσματικό στη θεραπεία μιας ασθένειας – αλλά αυτό το μόριο υπάρχει μόνο σε μια προσομοίωση. Πώς πραγματικά φτάνετε και αρκετό για να δοκιμάσετε στον πραγματικό κόσμο; Το Molecule.one είναι μια πλατφόρμα υπολογιστικής χημείας που βοηθά στη ζωή των θεωρητικών ουσιών και κάνει ντεμπούτο του προϊόντος σε σκηνικό στο πεδίο μάχης διάσπασης SF

Η υπολογιστική χημεία είναι, πιστεύετε ή όχι, ζεστό εισιτήριο αυτή τη στιγμή. Η έκρηξη των υπολογιστικών πόρων κατά την τελευταία δεκαετία κατέστησε δυνατή την προσομοίωση των εξαιρετικά πολύπλοκων συστημάτων μοριακής βιολογίας σε αρκετά υψηλή πιστότητα για την παραγωγή νέων φαρμάκων και άλλων σημαντικών ουσιών

Για παράδειγμα, λέει ότι μια εταιρεία γνωρίζει ότι μια κατάσταση προκαλείται από υπερπαραγωγή συγκεκριμένης πρωτεΐνης. Με την προσομοίωση αυτής της πρωτεΐνης στη σούπα του κυτταρικού περιβάλλοντος, οι υπολογιστικοί χημικοί μπορούν επίσης να εισάγουν και ουσιαστικά να παρατηρούν τη συμπεριφορά χιλιάδων ή εκατομμυρίων μορίων που δεν απαντώνται φυσικά, αλλά θα μπορούσαν, ας πούμε, να κλειδώσουν αυτές τις υπερβολικές πρωτεΐνες και να τις επισημάνουν για απομάκρυνση το κύτταρο

Αυτή η διαδικασία ανεύρεσης φαρμάκων είναι παραγωγική, αλλά σε αντίθεση με τον πραγματικό κόσμο, σε μια προσομοίωση δεν χρειάζεται πραγματικά να φτιάξετε αυτό το μαγικό μόριο. Είναι απλά μια δέσμη αριθμών που αλληλεπιδρούν με άλλους αριθμούς. Πώς μπορεί μια φαρμακευτική εταιρεία, η οποία μπορεί να έχει πληρώσει πολλά χρήματα για αυτούς τους αριθμούς, να τα μετατρέψει σε πραγματικά μόρια; Εδώ Molecule.one βήματα.

Ουσιαστικά η εταιρεία δημιούργησε μια πλατφόρμα λογισμικού που αυτοματοποιεί τη διαδικασία απόχρωσης Α, Β και Γ σε χημικό Ζ, με τα πολλά βήματα μεταξύ των καταλογισμένων και τεκμηριωμένων. Βασίζεται σε ένα σύστημα εκμάθησης μηχανών που έχει απορροφήσει εκατομμύρια διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και γνωστές χημικές διεργασίες, επιτρέποντάς του να συνδέσει τις τελείες και να προτείνει μια μέθοδο για τη δημιουργία σχεδόν οποιουδήποτε πολύπλοκου οργανικού μορίου. Με άλλα λόγια, όταν μια εταιρεία φαρμάκων έχει το «τι» – ένα μόριο ή ένωση που μπορεί να καταπολεμήσει το Αλτσχάιμερ – το Molecule.one παρέχει το «πώς».

Ο Piotr Byrski συναντήθηκε με τον συνιδρυτή Paweł Włodarczyk-Pruszyński για να αποφευχθεί η σύγχυση με COO Paweł Łaskarzewski) ενώ στο κολέγιο, όπου σπούδαζαν και έκαναν έρευνα μαζί, τελικά και οι δυο MD. Ανακαλύψαμε μια κοινή απέχθεια στο έργο της χημείας – ποτήρια, αποστάγματα, τιτλοδότηση κ.ο.κ.

 molecule one header

"Ανακαλύψαμε ότι μοιραστήκαμε μια παρόμοια αναλυτική προσέγγιση στη χημεία. Πολλοί χημικοί μοιάζουν πολύ με τη διαδικασία μαγειρέματος που σχετίζεται με την οργανική σύνθεση ", μου είπε ο Byrski. "Πρέπει να πω … ποτέ δεν μου άρεσε πολύ. Αυτό έκανε να πιστεύω ότι υπάρχουν πολλά πράγματα στην καθημερινή ζωή ενός χημικού που μπορεί να αυτοματοποιηθεί και πρέπει να αυτοματοποιηθεί. "

" Η αυτοματοποίηση της οργανικής σύνθεσης φαίνεται σαν ένα άλλο δύσκολο πρόβλημα αυτοματισμού, αλλά είναι ένα με πραγματικά αποτελέσματα. Οι πραγματικοί άνθρωποι υποφέρουν επειδή τα ναρκωτικά έρχονται στην αγορά ", είπε. "Νόμιζα ότι θα μπορούσαμε να βοηθήσουμε. Έτσι κάναμε κάποια έρευνα και διαπιστώσαμε ότι ο τομέας είναι τόσο ανεπτυγμένος – η έρευνα της κατεύθυνσης είναι εντελώς ανεπαρκής. Ξεκινήσαμε έρευνα αγοράς – είμαστε και οι δύο πρώτοι χρονομετρητές και έτσι ήταν αρκετά καινούργιος για εμάς την εποχή εκείνη – και διαπιστώσαμε ότι υπάρχει μεγάλη ανάγκη αγοράς γι 'αυτό. Δεν ήταν μια επιστημονική ανακάλυψη που θα καθόταν σε ένα ράφι, θα μπορούσε να εφαρμοστεί σήμερα για να βοηθήσει πολλούς κλάδους ».

Μέχρι που εργάζονταν σε αυτό, οι εταιρείες εφαρμόζονταν ήδη προσομοίωση και στατιστικές τεχνικές (η μηχανική μάθηση είναι βασική στατιστική ανάλυση όπλων) είχαν ήδη αναδυθεί. BenevolentAI ξεκίνησε το 2013, Αναδρομή στο 2014 Atomwise το 2015 ; σαφώς αυξανόταν ο τομέας και εξακολουθεί να προσθέτει νέες εταιρείες, όπως το ReviveMed . Αλλά προσανατολίζονται κυρίως στο ζήτημα των νέων φαρμάκων που βασίζονται σε προσομοιώσεις.

"Παρέχουν μια λίστα ίσως δεκάδων χιλιάδων δομών σε μια φαρμακευτική εταιρεία, αλλά η εταιρεία πρέπει στη συνέχεια να επαληθεύσει αν οι προβλέψεις έχουν οποιαδήποτε πραγματική- την υποστήριξη της ζωής. Γιατί χρειάζεστε φυσική πρόσβαση σε αυτά τα μόρια – απλά γνωρίζοντας ότι η δομή δεν την κόβει ", δήλωσε ο Byrski

Το σύστημα του Molecule.one τους λέει πώς να εκδηλώσουν αυτές τις δομές

 1.1.1 Dashboard μορίων Ενώσεις

"Κάνουμε ολόκληρη την πορεία της σύνθεσης, έτσι ώστε να πηγαίνουμε από ενώσεις που είναι διαθέσιμες σε εκείνες που θέλετε", δήλωσε ο Włodarczyk-Pruszyński. "Κατά μήκος του δρόμου πρέπει να λύσουμε πολλά προβλήματα – υπάρχουν πολλοί λόγοι για τους οποίους μια αντίδραση μπορεί να αποτύχει. Θέλουμε να πούμε στους χρήστες πώς να κάνουν τις ενώσεις με τη διαδικασία με τις μεγαλύτερες πιθανότητες επιτυχίας ».

Και επιτυχώς έχουν:« Το σύστημά μας λειτουργεί για δομές που ποτέ δεν είχαν δει ποτέ από κανένα χημικό », δήλωσε ο Byrski. ] Το προφανές ερώτημα είναι γιατί αυτές οι τεράστιες εταιρείες φαρμακοβιομηχανίας, με τις αψεγάδιαστες τσέπες τους και την τεχνογνωσία τους, δεν συνθέτουν τις δικές τους πλατφόρμες σύνθεσης.

"Ο πιο σημαντικός παράγοντας είναι ότι είναι δύσκολο για μια φαρμακευτική εταιρεία να προσλάβει μηχανικούς ειδικευμένους στην εκμάθηση μηχανών που έχουν ένα βαθύ υπόβαθρο στη χημεία. Πάνω από το 90 τοις εκατό των ανθρώπων που γνωρίζω ότι οι εργασίες για αυτό στο φαρμακευτικό τομέα είναι χημικοί που έχουν κάποια εκπαίδευση στη μηχανική μάθηση. Αυτό είναι ένα δύσκολο πρόβλημα που απαιτεί να έρθει από την αντίθετη κατεύθυνση ", εξήγησε ο Μπρίσκι. "Ο επικεφαλής της μηχανικής μάθησης [Stanislaw Jastrzębski] είναι διδακτορικός από την υπολογιστική πλευρά, ο οποίος κανονικά θα πάει στο Google, το Facebook ή η Microsoft. Έχουμε δημιουργήσει μια ομάδα που είναι μοναδική στον τρόπο με τον οποίο γεφυρώνει την υπολογιστική τεχνολογία και τη χημεία. "

Οι βάσεις δεδομένων που χρησιμοποιούνται από τα συστήματα του Molecule.one, εκπληκτικά, είναι ως επί το πλείστον δημόσιο. Το Γραφείο Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας των Η.Π.Α. έχει δεκάδες διπλώματα ευρεσιτεχνίας που αφορούν χημικές διεργασίες – μερικές σημαντικές, μερικές μικρές, μερικές σκοτεινές, μερικές προφανείς, αλλά όλες επαληθεύονται και παρουσιάζονται επίσημα Αυτό ήταν ένα χρυσό ορυχείο που καθόταν με απλό βλέμμα, είπε ο Μπρίσκι. Ή ίσως ένα κιβώτιο γεμάτο από κομμάτια Lego απλά περιμένοντας να συναρμολογηθεί στη σωστή μηχανή.

Οι κύριες πληροφορίες που χρησιμοποίησαν ήταν μια ιδιωτική λίστα των διαθέσιμων στο εμπόριο χημικών ουσιών και των τιμών τους. Ένα μόριο μπορεί να έχει περισσότερα από ένα μονοπάτια για να το φτάσει, τελικά, ή ίσως χιλιάδες, και κάποιος μπορεί να είναι φθηνότερος από τους άλλους ή να περιλαμβάνει λιγότερα τοξικά αντιδραστήρια.

Με ισχυρά αποτελέσματα από δημόσιες βάσεις δεδομένων, έχουν περισσότερες πιθανότητες να πάρουν pharma εταιρείες να μοιράζονται τις εσωτερικές τους βάσεις δεδομένων κατά την εγγραφή για την υπηρεσία

Η πραγματική επιχείρηση διεξάγεται SaaS-σοφός, φυσικά, και όλη η εργασία λαμβάνει χώρα στο σύννεφο. Υπάρχει επίσης μια επιχειρησιακή βαθμίδα που επιτρέπει την εσωτερική λειτουργία των επιχειρήσεων για τις επιχειρήσεις που μάλλον δεν θα έχουν τα εμπορικά τους μυστικά οπουδήποτε αλλού εκτός από την εταιρική υποδομή

Μέχρι στιγμής η εταιρεία έχει ξεκινήσει, και σήμερα έχει περίπου 400.000 δολάρια στην τράπεζα , την οποία ο Βίρσκι δήλωσε ότι θα πρέπει να διαρκέσει μέχρι το επόμενο έτος. "Το μεγαλύτερο κόστος είναι οι άνθρωποι", είπε. "Προγραμματιστές, σχεδιαστές, χημικοί. Είμαστε μια επιχείρηση λογισμικού, έτσι δεν έχουμε πολλά άλλα κόστη – δεν χρειάζεται να μισθούμε ένα εργαστήριο, για παράδειγμα. "Έτσι ψάχνουν για χρηματοδότηση για να βοηθήσουν στη μίσθωση και την κλίμακα

Δεν είναι συνηθισμένο στην Πολωνία για να πιέσει άμεσα από την ιατρική σχολή σε ένα ξεκίνημα, παραδέχθηκε ο Byrski. Αλλά αυτός και ο Włodarczyk-Pruszyński θεώρησαν ότι αυτό ήταν πολύ σημαντική ευκαιρία να κάνουμε καλό για να περάσουμε. Με την τύχη τους, η πλατφόρμα τους θα αποδειχθεί τόσο δημοφιλής όσο και οι νεοσύστατες ομάδες που ανακάλυψαν το φάρμακο που βοήθησαν να καταστεί αναγκαίο να επινοηθεί.

>Μεταφρασμένο από την Google <
Source link

Αφήστε ένα σχόλιο

Αυτός ο ιστότοπος χρησιμοποιεί το Akismet για να μειώσει τα ανεπιθύμητα σχόλια. Μάθετε πώς υφίστανται επεξεργασία τα δεδομένα των σχολίων σας.